Jean-Baptiste Raina erforscht vor allem die Wechselbeziehungen zwischen Meeresbewohnern und mit ihnen in Symbiose lebenden Mikroorganismen. Er will so besser verstehen, wie die Mikroben funktionieren und wie sie ihren Lebensraum beeinflussen. Er hat dafür eine Reihe von Methoden entwickelt, mit denen er die Wechselwirkungen im Mikromaßstab direkt im Meer untersuchen kann.