Johannes Henn wurde 1980 in München geboren. Seine wissenschaftliche Laufbahn begann Henn mit einem Physikstudium, das er an der Universität Augsburg, der Université de Savoie sowie an der Ecole Normale Supérieure de Lyon absolvierte. Nach der Promotion am Laboratoire d'Annecy-Le-Vieux de Physique Théorique forschte er drei Jahre als Postdoc an der Humboldt-Universität Berlin. 2011 wechselte er an das Institute for Advanced Study in Princeton. Von dort wurde er 2015 als W3-Professor an die Universität Mainz berufen, wo er eine wissenschaftliche Arbeitsgruppe für theoretische Physik leitete. Seit Oktober 2018 ist er Direktor am MPI für Physik und Honorarprofessor an der LMU München.